Le douzième Karmapa, Changchub Dorje, est né dans la région de Dege au Kham en l'an du Mouton d'Eau (1703). Conformément à la lettre de prédiction laissée par le précédent Karmapa, son lieu de naissance était proche de la ‘’rivière d’or’’ (Yangtse).

Peu de temps avant sa naissance, son père, qui était propriétaire d'une entreprise de poterie, avait été informé par Terton Mingyur Dorje qu'un événement de bon augure était sur le point de se produire dans sa famille. La famille de Changchub Dorje descendait en fait de la lignée du roi Trisong Detsen.

À l'âge de deux mois, on entendit Changchub Dorje déclarer: «Je suis le Karmapa».

Cette nouvelle et la conviction de Mingyur Dorje que l'enfant était la nouvelle incarnation de Karmapa, incitèrent le huitième Shamar Rinpoché à envoyer une équipe de recherche pour trouver et tester le garçon. La délégation fut conduite à la maison par Terton Mingyur Dorje lui-même. Changchub Dorje convainquit les représentants de Shamarpa qu'il était bien l'incarnation du Karmapa. Par la suite, il fut nommé Changchub Dorje par Shamar Rinpoché.

Au cours de ses premières années, il fut instruit par plusieurs maîtres de méditation et érudits, dont Situ Chökyi Jungnay, Tsuglak Tenpi Nyingje et Nyenpa Tulku. À l'âge de sept ans, il arriva à Karma Gon. Un peu plus tard, Changchub Dorje se rendit à Kampo Gangra où il pratiqua intensivement la méditation. De là, il se rendit dans la principauté du Nangchen.

Sur le chemin de Tsurphu, le jeune Karmapa effectua un pèlerinage dans les grottes de Baram, où Baram Darma Wangchuk était en retraite. Barampa avait été un proche disciple de Gampopa et avait fondé la lignée Baram Kagyu.

Enfin, le groupe de Changchub Dorje atteignit Tsurphu, où il poursuivit ses études.

La spiritualité innée du Karmapa se déployait dans ses rêves. Il avait une affinité naturelle pour les enseignements du Tantra Kalachakra et une nuit, il rêva qu'il se rendait à Shambala, pour y recevoir la transmission et la lecture rituelle du Kalachakra du roi Rigden de Sambhala, détenteur de cette lignée.

La vie du douzième Karmapa fut à nouveau une période troublée. Les Mongols dzungariens attaquèrent le centre du Tibet, tuant Lapzang Khan, Minling Lotsawa Dharma Sri, Padma Gyurme Gyatsho et de nombreux autres grands maîtres Nyingma. Pendant quatre ans de conflit, de nombreux monastères furent détruits, dont Mindroling et Dorje Drag. Des reliques et des trésors furent volés et les entrées des grottes de Padmasambhava furent obstruées.

Lorsque le septième dalaï-lama, Kalzang Gyatsho revint du Kham, les envahisseurs se retirèrent. Changchub Dorje alla rendre visite à Kalzang Gyatsho à qui il fit des offrandes appropriées et reçut la bénédiction de ce dernier.

Lorsque Karmapa revint à Tsurphu, Katok Tsewang Norbu lui rendit visite, et reçut de lui des enseignements sur les six yogas de Naropa et le mahamudra. Ce lama était un célèbre maître de méditation et terton de la lignée Katok Nyingma. À son tour, il enseigna à Changchub Dorje la doctrine Nyingma.

Karmapa partit en pèlerinage vers les lieux sacrés du Népal. Son escorte comprenait Shamar Rinpoché, Situ Rinpoché et le septième Gyaltshab Rinpoché, ils furent accueillis à Katmandou par le roi Jagajayamalla, qui célébra leur venue par une grande cérémonie.

Pendant son séjour au Népal, Changchub Dorje visita Yanglayshöd, où Guru Padmasambhava avait accompli la méditation sur Vajrakilaya afin de détruire tous les obstacles à son activité compatissante. Là, Karmapa et son groupe effectuèrent les pratiques spirituelles de Padmasambhava sous son aspect courroucé, renouvelant ainsi le lien avec l'inspiration du guru "Né du Lotus".

Une épidémie de grippe éclata dans la vallée de Katmandou et l'aide de Changchub Dorje fut requise. Karmapa pratiqua d'abord la méditation d'Avalokitesvara, puis après avoir purifié symboliquement une quantité d'eau avec la compassion d'Avalokitesvara, il conféra, avec les autres lamas de son groupe, la bénédiction de la région lors d'une cérémonie de purification d’eau. L'épidémie fut stoppée et le roi organisa une célébration festive en l'honneur du Karmapa.

Par la suite, Changchub Dorje, avec Shamarpa et Situ Rinpoché, se rendit à Kushinagar, dans le nord de l'Inde, le lieu du décès du Bouddha Sakyamuni. Tout au long du voyage, la très grande érudition de Situ Rinpoché impressionnait fortement les panditas hindous qu'il rencontrait. Inspirés par sa maîtrise de la philosophie et de la linguistique, beaucoup devinrent ses disciples.

Sur le chemin du retour au Tibet, Karmapa et son groupe visitèrent une grotte à proximité de la montagne Jomo Gangkar, où Lesom Gendun Bum, la principale disciple de Milarepa, avait pratiqué intensivement la méditation. Le groupe visita ensuite le mont Kailash, qui était réputé comme l'environnement spirituel de Chakrasamvara.

Vers cette époque, Changchub Dorje reçut une invitation à rendre visite à l’empereur de Chine, Yung Ching. Il décida d'accepter l'invitation, et avec Shamarpa, Situpa et Gyaltshabpa, il retourna lentement à Tsurphu.

De retour à Tsurphu, Karmapa ne partit pas immédiatement pour la Chine. Il s’établit un temps en retraite puis visita Lhassa et se rendit également dans le sud du Tibet, donnant des enseignements à de nombreuses personnes. Changchub Dorje rencontra Surmang Trungpa Rinpoché, à qui il conféra le mahamudra et les six yogas de Naropa.

Karmapa confia à Situ Chökyi Jungnay la tutelle de l'école Karma Kagyu, lors de sa visite en Chine. De plus, Situ Rinpoché fut invité à compléter tous les textes que Karmapa et Shamarpa avaient commencés. En 1725, après avoir conféré des initiations à Situpa, Changchub Dorje et Shamar Rinpoché partirent pour la Chine.

Lorsque le camp atteignit la province d'Amdo, Karmapa organisa une cérémonie spéciale pour la paix dans le monde. Plus tard, Changchub Dorje célébra une autre cérémonie au lac Kokonor.

Alors qu'il voyageait en Chine, Karmapa donnait des enseignements et des initiations, en particulier celle de Vajrapani, incarnation du pouvoir de la bouddhéité. Changchub Dorje rencontrait les dirigeants des districts par lesquels il passait et discutait avec eux du Dharma. Le groupe arriva finalement à Lan Chu en 1732, où Changchub Dorje visita les temples de Tara et d’Avalokiteshvara, ainsi que les temples taoïstes. À Lan Chu, Karmapa contracta la variole. Il envoya une lettre contenant les détails de sa prochaine renaissance à Situ Rinpoché et décéda le trentième jour du dixième mois de l'année du Rat d'Eau (1732).